La responsabilidad principal del alojamiento, cuidado y supervisión de los niños y jóvenes no acompañados recae en los organismos de protección infantil y juvenil pertinentes (generalmente las oficinas de protección juvenil). Estos organismos tienen la obligación de proteger a los menores y acogerlos bajo custodia protectora (provisional) tan pronto como tengan conocimiento de su paradero. Las normas legales relativas a la entrada o no entrada, como la denominada «ficción de no entrada», no alteran esta obligación. Incluso en casos de presuntos menores no acompañados, deben ser entregados inmediatamente a los organismos de protección infantil y juvenil al ingresar al país y recibir alojamiento por parte de estos.

Los menores se consideran especialmente vulnerables según la normativa GEAS, incluso durante el proceso de evaluación. Esta evaluación comprende diversas comprobaciones, que se consolidarán y agilizarán y que ya existían en Alemania antes de la reforma. El sistema vigente de custodia protectora (provisional) se mantiene sin cambios y entra en vigor antes de la evaluación. Esta no debe realizarse en la comisaría, sino en otros lugares adecuados para menores.

La reforma del CEAS exige la representación legal de los menores no acompañados desde el momento en que se confirma su entrada, es decir, desde el primer día. El representante debe estar cualificado, capacitado y no estar sujeto a instrucciones de las autoridades ni de las agencias de control. Debe poder actuar de forma independiente y responsable, velando siempre por el interés superior del menor. Existe un límite de 30 menores por representante.

El principio del bienestar del niño prevalece sobre la determinación de la edad de los menores no acompañados. La responsabilidad principal de la determinación de la edad recae en las oficinas de protección infantil, y se aplica el principio de "ante la duda, presumir la minoría de edad".

Mediante acuerdos concretos y vinculantes entre todas las partes involucradas a nivel estatal y local, los derechos, el bienestar y la protección de la infancia deben garantizarse en todos los procedimientos y procesos. Un plan de acción conjunto o un acuerdo de cooperación entre los departamentos de interior y bienestar infantil a nivel estatal, así como entre las autoridades locales, puede asegurar la estandarización de los procedimientos y evitar malentendidos o conflictos de jurisdicción.

La colocación temporal de menores bajo custodia protectora cuando están acompañados por un tercero que no sean sus padres tiene como objetivo evaluar si el bienestar del menor está en riesgo, descartar la trata de personas y verificar las cualificaciones y la autorización de la persona que lo acompañará. Se recomienda la representación legal para el procedimiento de asilo y/o la tutela complementaria.